Eosin er oftest brugt som en kontrastfarve til hæmatoxylin og frembringer en lyserød eller rød farve til cytoplasmisk materiale, cellemembraner, og nogle ekstracellulære strukturer. Det giver også en stærk rød farve til røde blodlegemer. Eosin kan også anvendes som en kontrastfarve i nogle varianter af Gram-farvning og i mange andre protokoller. Der er faktisk to meget nært beslægtede forbindelser almindeligvis omtales som eosin. Oftest anvendes er eosin Y (også kendt som eosin Y WS eller eosin gullig); det har en meget svagt gulligt farve. Den anden eosin forbindelse eosin B (eosin blålig eller imperial rød); det har en meget svag blålig farve. De to farvestoffer er udskiftelige, og anvendelsen af den ene eller den anden er et spørgsmål om præference og tradition.
Carmin
Carmin er et intenst rødt farvestof anvendt til at farve glycogen, mens Carmine alun er en nuklear farvning. Carmine farvning kræver brug af bejdsemiddel, normalt aluminium.
Iod
Jod anvendes i kemi som en indikator for stivelse. Når stivelse blandes med iod i en opløsning dannes en intens mørkeblå farve, der repræsenterer et stivelses/iod-kompleks. Stivelse er et almindeligt forekommende stof for de fleste planteceller så en svag jodopløsning vil farve stivelsen der er tilstede i cellerne. Jod er et komponent i farvningsteknikken kendt som Gram-farvning, der anvendes i mikrobiologi. Lugols opløsning eller Lugols jodopløsning (IKI) er en brun opløsning, der bliver sort i nærvær af stivelse og kan bruges som cellefarvende, hvilket gør cellekerner mere synlige. Jod kan også anvendes som bejdsemiddel i Grams farvning. Det forøger mængden af farvestof der kan komme ind gennem porerne i cellevæggen/-membranen.
Safranin
Safranin (eller Safranin O) er et nukleart farvestof. Det producerer røde kerner, og bruges primært som en kontrastfarve. Safranin kan også anvendes til at give en gul farve til collagen.
Methylenblåt
Methylenblåt bruges til at farve dyreceller, såsom humane kindceller, for at gøre deres kerner mere observerbare. Bruges også til at farve blodfilm og bruges i cytologi.
